法人口座の手数料比較は調べた限り無かったので、わかる範囲で調べてみました。

ネット銀行法人口座手数料一覧
2019/01/14

住信SBIネット銀行
ATM手数料
・預入 108円
・引出 108円
振込手数料
・ 同行宛 51円
他金融機関
・ 3万円未満 165円
・ 3万円以上 258円
・ 組戻手数料 864円

GMOあおぞらネット銀行
ATM手数料（セブン銀行ATM）
・預入 108円
・引出 108円
振込手数料
・ 同行宛 0円
他金融機関
・ 3万円未満 163円
・ 3万円以上 257円
・組戻手数料 864円

ジャパンネット銀行
ATM手数料（セブン銀行ATM ローソン銀行ATM E.net 等）
・預入 162円（3万円以上 0円）
・引出 162円（3万円以上 0円）
振込手数料
・同行宛 54円
他金融機関
・3万円未満 172円
・3万円以上 270円

楽天銀行
ATM手数料
（セブン銀行ATM イオン銀行ATM）
・預入 216円（3万円以上 0円）
・引出 216円
（E.net ローソン銀行ATM 等）
・預入 270円（3万円以上 0円）
・引出 270円
振込手数料
・同行宛 51円
他金融機関
・3万円未満 165円
・3万円以上 258円
・組戻手数料 864円

以上